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이화여자대학교 대학원에서 보건학 과정을 수료, 인제대학교 대학원에서 보건학 박사 학위를 받았습니다. 명지대학교 인문학 학사, 중앙대학교 언론학 석사이며, 인문학, 사회학, 보건학을 두루 공부한 성 인문학자로서 건강한 성과 좋은 관계를 알려주는 성교육·성 상담 전문가로 25년 넘게 일하고 있습니다.
(사)청소년을 위한 내일여성센터 상담부장, 경향신문 미디어칸 성문화센터 소장, 연세성건강센터 소장, 대한성학회 회장, 한국양성평등교육진흥원 초빙 교수, 국방부 소통전문위원 등을 거쳤고 현재 행복한성문화센터 대표, 세종대학교 겸임교수, 대한성학회 명예회장입니다.
한 개인이 자기 몸과 마음을 잘 관리하고, 타인을 존중하고 좋은 관계를 맺으며, 주도적으로 행복한 삶을 살아갈 수 있도록 연구와 상담, 강의를 하고 있습니다. MBC 《일타강사》, tvN 《유 퀴즈 온 더 블록》 출연을 포함, 신문·방송 등 다수의 언론 매체에서 성 전문 패널이자 칼럼니스트로도 활약 중입니다.
펴낸 책으로는 『배정원의 사랑학 수업』, 『배정원 교수의 십 대를 위한 자존감 성교육』, 『명화 속 성 심리』 등이 있습니다.

2000년에 만화가로 데뷔한 후, 어린이를 위한 글을 쓰고 있습니다. 어린이의 정서와 눈높이에 맞춘 재미있는 스토리 속에 필수 상식과 학습 등 유익함을 주고자 연구하고 있습니다. 쓴 책으로는 『우리들의 사춘기』, 『악동 김블루의 친절한 과학』, 『쿠키런 킹덤 전설의 언어술사』 등이 있습니다.

2016년에 웹툰 『그림자 밟기』를 연재했습니다. 그린 책으로는 『우리들의 MBTI』 시리즈(전 5권) 등이 있습니다.